为保证产品配方合规，保健食物存案产品所用质料需列入《保健食物质料目录 养分素弥补剂（2020年版）》，所用辅料需列入《保健食物存案产品可用辅料及其运用规则（2021年版）》，且原辅料的增加量需一起满意法规中的要求。
为保证产品配方合规，保健食物注册产品答应运用一般食物质料、新食物质料、依照传统既是食物又是中药材的物质以及其他几个国家规则可用于保健食物的质料。触及食物增加剂的，所用种类为列入《食物增加剂运用规范》（GB 2760）、《食物养分强化剂运用规范》（GB 14880）或卫健委公告名单中的食物增加剂新种类等。若触及保健食物新质料，需要对该新质料进行安全性评价。
除了合规性外，注册类产品的配方还应留意合理性，在提交注册时应供给足够的科学文献根据。